во времена первых суперкомпьютеров их процессоры обгоняли типовые в десятки раз за счет совершенства архитектуры. в 90е разрыв сократился

могут иметь нестандартные наборы инструкций, оптимизированные для выполнения специальных параллельных языков
машины нестандартной (не ФонНеймановской) архитектуры обычное ПО выполнять не могут - очень нишевой продукт. 
приспособление ПО под настолько отличающуюся архитектуру требует колоссальных ресурсов, а отдача пропорциональна распространенности платформы,
поэтому разработчикам промышленного САПР неинтересно.

